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新病原室张楠博士论文被《Nature Reviews Microbiology》高度评论

2014-09-05 10:44打印
  我所新病原室孙强正课题组张楠博士研究生2014年4月在《临床微生物学杂志Journal of Clinical Microbiology》发表了一篇题为“Genomic Portrait of the Evolution and Epidemic Spread of a Recently Emerged Multidrug-Resistant Shigella flexneri Clone in China.(中国新发福氏志贺菌多重耐药优势克隆群传播和进化的基因组分析)”的学术论文(J. Clin. Microbiol. 2014,52: 1119–1126),随后国际著名期刊《Nature Reviews Microbiology》于2014年6月发表评论文章,对该论文用基因组测序数据来分析福氏志贺菌进化特征的工作进行了高度评价。
  
  基因组测序技术的发展和进步,推动了现代生物学和医学的发展。海量的测序数据也帮助科研人员理解疾病的成因,探索生命的奥秘。在研究影响公共卫生的微生物和流行病学领域,细菌全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)也被广泛的应用于研究,来自Sanger研究所的科研人员Kate S. Baker 和 Matthew J. Ellington在《Nature Reviews Microbiology》撰文(2014年6月刊)评论了WGS在公共卫生微生物学研究中的潜力和前景。评论文章涉及两项研究,其中一项是徐建国院士的研究生张楠的博士论文。这项研究利用基因组数据分析了59株福氏志贺菌(导致细菌性痢疾的主要病原菌)多重耐药优势克隆群的传播和进化特征,在孙强正副研究员的协助下完成。而另一项研究来自英国的科研人员对1000株临床分离的结核分枝杆菌(引起肺结核的主要病原菌)全基因组测序数据进行分析。
  
  评论文章指出, WGS数据可以用于多重耐药流行菌株的进化及传播动态研究,两项研究都揭示了病原菌的基因型和实验室检测表型(例如结核分枝杆菌的耐药表型及福氏志贺菌的血清型)的对应关系,对改进治疗措施、确定感染源头及流行病学追踪具有重要的意义。同时,评论文章也提到,这两项研究采取了不同的研究策略,对于结核分枝杆菌的研究,科研人员采取“大数据”(1000株结核菌全基因组),由上而下的统计分析来确定致病菌致病的分子机制;而我所科研人员对福氏志贺菌则是用小数据(59株菌)建立一种SNP(单核苷酸多态性)分型方法,继而用于大样本筛查。
  
  这其实代表了公共卫生领域WGS在微生物研究中应用的两种比较极端例子, 是获得大量的数据并从中沙里淘金挖掘信息,还是用关键数据建立模型进而快且省地放大研究?我想评论文章的诙谐配图也许能给予我们一些思考— 一个绿色的卡通小人,开怀大笑,下方有一行文字“Me on holiday!”(潜台词:我实验早做完了,在放假呢!)
评论原文
张楠博士论文原文




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